lunes, 28 de enero de 2019

Falta rigor en los estudios de género

 "Para corromper a un individuo basta con enseñarle a llamar derechos a sus anhelos personales y abusos a los derechos de los demás", escribía G. K. Chesterton allá por los años 20 del siglo pasado en el Illustrated London News.

James Lindsay, Peter Boghossian y Helen Pluckrose fabricaron más de 20 artículos científicos falsos, un poco a la manera de Alan Sokal, para denunciar la impostura intelectual y el poco rigor de los estudios de género. Los falsos trabajos "científicos" que llegaron a ser aceptados en revistas serias dedicadas a los estudios sociales o de género eran directamente ridículos: Para evitar la cultura de la violación un artículo propone entrenar a los hombres como si fueran perros: artículo aceptado y publicado. Otro sostiene que cuando un hombre se masturba en privado mientras piensa en una mujer (sin su consentimiento; de hecho, sin que ella lo sepa) está cometiendo violencia sexual en contra de ella: aceptado y publicado. Otro especula que los hombres frecuentan locales como Hooters para poder dar órdenes a las mujeres debido a su nostalgia del dominio patriarcal: aceptado y publicado. Otro explica la solidaridad femenina como respuesta al neoliberalismo, pero lo sustenta reescribiendo un capítulo de Mi lucha de Hitler: aceptado.

La historia personal es clave para entender la violencia doméstica

Entender que la línea de tiempo es fundamental es lo que ha hecho grandes a Darwin o a Freud. Camille Paglia, la principal crítica que le hace al feminismo actual es que haya abandonado a Freud en beneficio de los filósofos postmodernos como Derridà o Foucaoult. Erin Pizzey arremete contra la ideología de género que distorsiona los datos de violencia en su propio beneficio. Su tesis es que si hay violencia es porque hay una línea de tiempo previa a esa violencia y que cortar esa línea de tiempo es una tarea de hombres y mujeres

Erin Pizzey es la primera mujer que logro un hogar de acogida para las mujeres victimas de violencia domestica en UK... toda una pionera... hasta ahora lucha con la violencia domestica, pero en su experiencia vio que también que los hombres (esposos, niños, inclusos abuelos) eran victimas de violencia domestica, muchas veces la victimaria eran mujeres.... esta simple y real observación hizo que se ganara el odio de las feministas radicales. Entonces se retira del movimiento feminista.
Erin Pizzey apunta en el video algunas ideas de porqué esta deriva del movimiento feminista. El subtitulado no es muy bueno. Aquí se encuentra transcrito

Cuando queremos ahondar en la personalidad podemos psicoanalizarnos para comprender cómo nuestra infancia, nuestros padres, nuestros abuelos, nuestro ambiente social y cultural nos han afectado, o podemos consultar nuestro horóscopo. Las personas que creen en el horóscopo creen que la posición de los astros el día que nacemos determina nuestra personalidad por el resto de la vida. Creer que la violencia intrafamiliar se produce por violencia de género es el mismo tipo de fraude intelectual que pensar que nuestra personalidad está determinada por las estrellas.

Ayn Rand es un pensadora controvertida, pero certera a la hora de denunciar las trampas de los dominados. ¿Qué significa ser dominado? es algo que explica magistralmente James C. Scott en su libro "Los dominados y el arte de la resistencia"

¿Por qué hablar de feminismo en un blog de ciencia? 

Creo que los fraudes intelectuales hay que combatirlos desde el humor, por ejemplo, y desde la ciencia, también. Es el cuento de "El traje del Emperador" así que necesitamos la mirada sin prejuicios y la capacidad crítica para decir: "El Emperador está desnudo". No tener en cuenta que la violencia es un proceso que se gesta en el tiempo y que una etiqueta, en este caso el género, es el creador de esa violencia es una falacia que tenemos que desmontar. Es, en 2019, nuestro Vietnam, nuestra invasión de Polonia. Como bien dice el catedrático y experto en victimología José María Tamarit en esta entrevista: "....el deber de los académicos es divulgar los resultados de la investigación e intentar que las ciencias sociales sean tomadas en serio"

 En el documental argentino "Borrando a papá" se pueden observar las consecuencias de la ideología de género. Es muy interesante ver a uno de los "padres", un psicólogo, de esta teoría siendo condenado por pederastia.

Sexo, mentiras y feminismo

El pensamiento esencialista asigna a los individuos las características del grupo por el hecho (inevitable) de pertenecer a él. Es decir, si eres gitano eres ladrón, si eres negro eres un vagos, si eres español en los Andes: solo vives para robar y para humillar indios, si eres judío eres usurero, si eres... En el pensamiento esencialista el individuo no tiene capacidad alguna de cambiar sus características. Sus intenciones individuales quedan entonces completamente sometido a la pertenencia al grupo.

El libro Lo sexual es político (y jurídico) (Alianza Editorial, 2019), del profesor de filosofía del derecho Pablo de Lora, en el capítulo dedicado a la identidad de género propone que las diferencias en promedio no pueden ser una justificación para la discriminación entre individuos concretos. Una idea realmente interesante.
 
El Paradigma de Género no explica la violencia de pareja

El psiquiatra Pablo Malo lo explica tan bien en su blog Evolución y Neurociencias que os dejo el enlace aquí

 La verdad nunca está en una versión en particular

Culpar a todos por lo que hace una minoría, es lo que se llama el castigo kin o en alemán sippenhaft, un concepto muy querido por los nazis
Da mucha pena observar que gran parte del debate sobre feminismo tienen lugar en las redes sociales. Estas redes se caracterizan por excluir al que piensa diferente y en reforzar el sentimiento de grupo a base de memes sin mucho fundamento y muchos likes. Un comportamiento compartido con nuestros hermanos primates. Existen grupos de madres y de padres con argumentos opuestos y entendibles. ¿Cómo es eso posible? el director japones Kurosawa ya mostró, en su película Rashomon, cómo las distintas versiones en un juicio aportaban datos. Todas las versiones en principio son convincentes. Sólo una persona con capacidad de análisis puede acercarse a la verdad, que curiosamente nunca está en exclusiva en una versión en particular.

Y el resultado es el castigo colectivo: la penalización de ser hombre

Las imposturas intelectuales tienen sus consecuencias: las asimetrías penales. El problema de la asimetría en el código penal es que dinamita la idea de igualdad. Y no solo eso, sino que etiqueta como peligroso a una parte de la sociedad y tilda de víctima a la otra parte. El problema con las víctimas es que se vuelven intocables ¿Quién está de acuerdo con pegarle con un palo a un bebé foca? Nadie. Por ese motivo, los feminicidios se vuelven un tema que se utiliza para delimitar el ¿Estás o no estás con nosotros?. Es la falacia lógica del falso dilema. En política se usa mucho ¿Reelegirá usted al partido en el gobierno, o le dará alas al terrorismo?. Creo que el rechazo a los feminicidios es, excepto por algunos extremistas, universal. Entonces ¿Por qué plantear una falsa dicotomía? Simplemente por interés, por obtener privilegios. Y claro, justicia y privilegios son dos términos contrapuestos.

Mujeres con rango de agentes de la autoridad 

En España y en todo el mundo existe lo que se llama la presunción de veracidad para los Agentes de la Autoridad, pero solo en países hembristas como España se da esa presunción de veracidad a una mujer cuando acusa a un hombre. Para ello han hecho tribunales especiales donde no existe el derecho humano a la presunción de inocencia, y los hombres tienen que demostrar su inocencia, e incluso cuando no hay pruebas han hecho que la acusación de una mujer contra un hombre sea prueba de cargo suficiente siempre que se cumplan tres premisas: 1 Que diga que no tiene deseos de venganza, 2 Que la acusación sea creíble, 3 Que no cambie la acusación y se mantenga en el tiempo. Con esto han dejado a los hombres indefensos y han convertido a las mujeres en agentes de la autoridad.

Referencias:

Este estudio demostró que los estudios de género son los mejor financiados, pero también más sesgados y menos objetivos de todas las disciplinas dentro de las humanidades y las ciencias sociales:
Söderlund T, Madison G. Objectivity and realms of explanation in academic journal articles concerning sex/gender: a comparison of Gender studies and the other social sciences. Scientometrics. 2017;112(2):1093–1109. doi:10.1007/s11192-017-2407-x
https://evolucionyneurociencias.blogspot.com/2019/11/dos-tipos-de-violencia-de-pareja.html

viernes, 25 de enero de 2019

Películas para ver con mis hijos

Deprisa deprisa de Carlos Saura
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El día de la marmota
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Centauros del desierto
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Carta a tres esposas
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Capitanes intrépidos
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Rebelión en la granja
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Gloria de Cassavettes
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El señor de las moscas
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Nace una estrella
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Secretos y mentiras (Secrets & Lies) (1996) de Mike Leight
Este película es un ejemplo de anagnórisis maravilloso
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Un dos tres de Billy Wilder
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Desafío TotalEn un mundo distópico de "Total recall" la humanidad vive en Marte sin atmósfera. Todos tienen que pagar por el oxígeno necesario para vivir. Las autoridades saben que una raza alienígena construyó en el planeta una máquina gigantesca capaz de producir una atmósfera rica en oxígeno pero no quieren que se descubra porque acabaría con el negocio de la venta de oxígeno. De esta manera el autor apunta a una de las principales contradicciones del capitalismo: no se trata de arreglar problemas, se trata de crear necesidades y de que no estén al alcance de todos para que esas necesidades tengan un precio.
Para descargar películas: https://yts.am/

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La balada de Narayama
https://zoowoman.website/wp/movies/la-balada-de-narayama/

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Idiocracia
Una película de humor sobre cómo la sociedad se ha vuelto idiota
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Up in the air
Una metáfora del mundo neoliberal. George Clooney vive una vida profesional exitosa despidiendo gente de empresas por todos los estados unidos. Despoja a trabajadores de su condición, destruye comunidades, deslocaliza. El mismo carece de un espacio, de un territorio, su "hábitat" son las salas VIP y los aeropuertos y sus hoteles de falso lujo de las inmediaciones.
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Rashomon 
Kurosawa ya mostró, en su película Rashomon, cómo las distintas versiones en un juicio aportaban datos. Todas las versiones en principio son convincentes. Sólo una persona con capacidad de análisis puede acercarse a la verdad, que curiosamente nunca está en exclusiva en una versión en particular.

lunes, 21 de enero de 2019

El ADN es información en el tiempo

Los felinos como el león, el tigre o el gato comparten el 95% del ADN. Esto quiere decir que si cogiésemos el ADN de un gato y el de un león, el 95% de la información sería la misma. Lo mismo ocurre con los perros o los humanos y sus parientes más próximos. Comparten ADN porque han tenido todos ellos un antepasado común. La información que existe en el ADN nos dice quienes han sido nuestros padres, nuestros abuelos... es una línea de información en el tiempo.

Comprender que somos una línea de información en el tiempo no es fácil. Esta es la idea más radical de Darwin, o de Freud, que también se dio cuenta que la personalidad es una línea de valores y de traumas familiares, es decir, una línea de información en el tiempo. El psicoanalista Jung se dió cuenta que existen arquetipos culturales que se mantienen en las culturas y se transmiten de padres a hijos. Richard Dawkins acuñó el término meme para describir algo similar.

El árbol genealógico es una línea en el tiempo

Cuando a mis alumnos quiteños les explico que los genes de los españoles que conquistaron América están entre sus genes... a algunos les cuesta entenderlo. Y no les culpo. A Linneo, el sabio que inventó la clasificación moderna de la vida, la idea de que los animales estaban emparentados no le era extraña pero no la entendía. Según Arturo Morales, catedrático de zoología de la Universidad Autónoma de Madrid "Él (por Linneo) no pretendía hablar de parentesco, pero su clafisicación sugiere que hay una geneaología y un parentesco". 

¿Qué es lo que no entendía Linneo? pues que las distintas especies animales o de plantas tienen una similitud porque tienen un antepasado común. Si os fijáis en la estructura de organización. Linneana de especie, género, familia la idea que subyace es la de un árbol filogenético o genealógico. Lo que Linneo no hizo fue poner la línea de tiempo.  Fuente

Las ramas del árbol pueden entrecruzarse

Posteriormente, por varios autores comprendimos que las ramas del árbol genealógico pueden entrecruzarse. Así, por ejemplo, cuando se estudia el asombroso comportamiento de las avispas que inoculan un veneno que paraliza a las orugas, como si de una anestesia de larga duración se tratase, para depositar en ellas un huevo y permitir que la larva de la avispa se alimente de la oruga se observa que el veneno procede de un gen que antiguamente fue un virus que se introdujo en el genoma de la avispa.

Posteriormente, aprendimos por varios autores que las ramas del árbol podían fusionarse. . Dibujo original de Sofía Delaye Pascual. Fuente

De esa manera, analizando la información genética humana podemos ver que el 4% de nuestros genes provienen de los neandertales o un 8% de nuestros genes provienen de virus ARN. ¿Cómo han llegado esos genes a nuestro ADN? En el caso de los neandertales, cuando el Homo sapiens sale de África y se encuentra con el Homo neanderthal matan a los machos y violan a las mujeres. En el caso de los virus se trata de virus que intercalaron hace mucho tiempo su ADN en el interior de cromosomas humanos o de los antepasados de los humanos.
Esteatopigia de mujeres bosquimanas. Los bosquimanos son la única población del mundo que carece de genes neandertales

Somos los aportes de todos nuestros antepasados

 
Actualmente hay programas de televisión que hacen de este hecho entretenimiento. Por ejemplo, le muestran a un neonazi que tiene genes africanos en su genoma.
Aeroméxico ha decidido dar un descuento a los clientes gringos que muestren que tienen un porcentaje genético mexicano. Fuente

Que el ADN sea información en el tiempo puede ser de utilidad para saber cuáles son nuestros ancestros y también quién es el padre de un niño o bien para saber la identidad de un violador. Nuestras ideas sobre razas tiene que cambiar en base a esta información así como la paternidad irresponsable o la posibilidad de crear bases de datos para vigilar a los depredadores sexuales. Tenemos la tecnología para hacerlo. En el Ecuador por ley las madres a las que el padre de su hijo no quiera reconocer su paternidad tienen derecho a un test genético gratuito. Si lo solicitan en la fiscalía el presunto padre tiene que someterse a este test y en caso de que resulte positivo contribuir a la crianza del hijo con un pensión de alimentos. Asimismo, por rutina, a las mujeres víctimas de violación se les toma muestra de semen o de pelos del agresor para determinar su perfil genético y contrastarlo con los del presunto agresor. Sería interesante una base de datos genéticos de todos los depredadores sexuales del país y compartirla con los países receptores de estas personas como migrantes. De esa manera se podría evitar futuros crímenes.

Información digital y genética comparten los mismos principios

Cada proteína humana está codificada en ADN, por ejemplo, las proteínas de nuestro pelo, la del color de nuestros ojos, la que forma nuestros músculos, o las enzimas, pequeñas máquinas que mantienen nuestro cuerpo en funcionamiento. La información escrita en nuestro ADN en cadenas de adenina, timina, citosina o guanina se tranduce a una secuencia de aminoácidos que se van plegando formando los ladrillos de nuestro cuerpo. El proceso es similar al de una impresora 3D. La impresora toma un hilo de plástico y lo calienta y le va dando una forma tridimensional. Lo bueno de las proteínas es que además de forma tienen cargas eléctricas positivas o negativas de manera que las proteínas formadas se pueden unir al azar unas con otras para hacer estructuras más grandes
Si imprimimos piezas de plástico simulando una cubierta vírica proteica en una impresora 3D y les ponemos imanes orientados de forma que un imán en su cara positiva se pueda unir a otro imán en su cara negativa unido a otra pieza de plástico, al agitarlos se unen espontáneamente unos con otros. Parece mágia

 Y el verbo digital se hizo carne y habitó entre nosotros

Recientemente vemos que las impresoras comienzan a ser cada vez más sofisticadas. Al igual que los ribosomas en el mundo orgánico cambian información genética por información tridimensional como las proteínas, los robots podrán traducir código binario en objetos tridimensionales, como sus propias piezas. En ese momento podremos decir que igual que en Juan 1:14 se dice: Y el Verbo (Logos) Divino "se hizo carne y habitó entre nosotros" que el verbo digital se hizo carne.

En este momento, nuestro árbol genealógico verá como dos códigos se intercalan, el genético y el digital. Seremos el producto de la anastomosis de esos códigos. Hoy por hoy ya existen compañías que guardan información digital en ADN. Y como hemos visto existe la posibilidad de traducir esa información genética en proteínas gracias a los ribosomas que traducen información en carne (proteínas) y las impresoras 3D que traducen código binario en estructuras tridimensionales.

Ya nada será como lo que hemos conocido previamente. Abogados cyborg, mitad humanos mitad robots se encargarán de redactar los nuevos códigos civiles adaptados a la nueva realidad.

Para saber más:

CODIGO CIVIL


CODIGO DE LA NIÑEZ Y ADOLESCENCIA



CODIGO CIVIL ECUATORIANO
Parágrafo 1o.
Reglas generales

Art. 233.- El hijo que nace después de expirados los ciento ochenta días subsiguientes al matrimonio, se reputa concebido en él, y tiene por padre al marido, quien podrá impugnar la paternidad mediante el examen comparativo de los patrones de bandas o secuencias de ácido desoxirribonucleico (ADN).

Esta presunción se extenderá al conviviente en los casos de unión de hecho que reúna los requisitos previstos en este Código.
Art. 246.- También se presume que un hijo tiene por padre al marido de su madre, cuando nace dentro de matrimonio, aunque no hayan transcurrido los ciento ochenta días a que se refiere el artículo 233. El marido podrá reclamar contra la presunción de paternidad, mediante el examen comparativo de los patrones de bandas o secuencias de ácido desoxirribonucleico (ADN) practicados por laboratorios especializados públicos o privados, que cuenten con peritos calificados por el Consejo de la Judicatura. En el caso de los laboratorios privados deberán contar con el permiso de funcionamiento de la entidad pública rectora en salud.
Art. 258.- Si propuesta la demanda de investigación para que se declare la maternidad o paternidad, el demandado negare ser suyo el hijo, el actor solicitará al juez la realización del examen comparativo de los patrones de bandas o secuencias de ácido desoxirribonucleico (ADN). En el evento de existir negativa por parte del demandado a someterse a este examen dispuesto por el juez, se presumirá de hecho la filiación con el hijo.
CÓDIGO DE LA NIÑEZ ECUATORIANO
Art. 10.- Obligación del presunto progenitor.- El Juez/a fijará la pensión de alimentos a favor del niño, niña o adolescente a una persona cuya filiación o parentesco en el caso de los demás parientes consanguíneos no ha sido legalmente establecida, de acuerdo con las siguientes reglas:

a) En el evento de existir negativa por parte del demandado o demandada a someterse a las pruebas científicas de ADN que el Juez/a disponga, se presumirá de hecho la filiación o relación de parentesco en el caso de los demás parientes consanguíneos, con el alimentario y en la misma providencia se fijará la pensión provisional, la cual será exigible desde la presentación de la demanda.
b) Si el resultado del examen de ADN es positivo, el Juez/a declarará la filiación y la correspondiente paternidad o maternidad y dispondrá la inscripción de la respectiva Resolución en que así lo declare en el Registro Civil; o la relación de parentesco en el caso de los demás parientes consanguíneos. En la misma providencia fijará la pensión definitiva de alimentos, la cual será exigible desde la fecha de presentación de la demanda.
c) Si el demandado o demandada funda su negativa para la práctica del examen de ADN en la circunstancia de carecer de recursos para sufragarlo, el Juez/a dispondrá que el Ministerio de Salud Pública, a través de una Unidad de Investigación Genética, realice el examen de ADN en forma gratuita.

Se admitirá la demostración de la carencia de recursos del presunto padre, madre o pariente consanguíneo obligado a sufragar los gastos que demande el examen de ADN, así como las costas procesales y los gastos del estudio social, cuando del estudio de la oficina técnica se probare dicho particular y de conformidad con la prueba que se actúe en la audiencia respectiva.

Se prohíbe practicar los exámenes de ADN al que está por nacer; sin embargo se lo puede hacer en personas fallecidas, cuando ello sea necesario para establecer la relación parentofilial.
Art. 11.- Condiciones para la prueba de ADN.- Tendrán valor probatorio en juicio, el examen comparativo de los patrones de bandas o secuencias de ácido desoxirribonucleico (ADN) practicadas por laboratorios especializados públicos y privados, que cuenten con peritos calificados por la Fiscalía. En el caso de los laboratorios privados deberán contar con el permiso de funcionamiento del Ministerio de Salud Pública.

La identidad de la persona a la que pertenece la muestra, se comprobará mediante la cédula de identidad o ciudadanía o pasaporte o cualquier otro mecanismo que asegure fehacientemente la identidad de la persona y, el registro de su huella digital. La identificación y toma de muestras se hará en presencia de la autoridad que la ordena o su delegado, el/la perito y las partes o quienes las representen.

Los resultados de las pruebas de ADN son confidenciales. Todo movimiento de la muestra deberá ser registrado con indicación de la fecha, la hora y el nombre e identificación de las personas que intervinieron. El Juez/a, podrá disponer el auxilio policial, la intervención de médicos legistas o de otros peritos a petición de la parte interesada, para asegurar la autenticidad y confiabilidad de la toma de muestras, su examen, custodia y transporte.
Art. 13.- Suficiencia de la prueba de ADN.- La prueba de ADN con las condiciones de idoneidad y seguridad previstas en esta ley, se tendrá por suficiente para afirmar o descartar la paternidad o maternidad. No será admitida la dilación de la causa a través de la petición de nuevas pruebas, salvo que se fundamente y pruebe el incumplimiento de las condiciones previstas en la presente ley.

lunes, 7 de enero de 2019

Electroforesis vertical de proteínas SDS-PAGE

Tema a desarrollar
La electroforesis en geles de poliacrilamida SDS-PAGE es uno de los métodos más utilizados para la purificación, análisis y caracterización de proteínas. La técnica permite separar moléculas cargadas y explota diferencias en movilidad cuando se les somete a la acción de un campo eléctrico.

Objetivos de la práctica
Conocer la técnica de electroforesis de proteínas en geles SDS-PAGE.
Separar proteínas de un extracto mediante electroforesis desnaturalizante en geles de poliacrilamida.
Teñir las proteínas separadas en el gel con azul de Coomasie y determinar su peso molecular.

Aparatos, equipos e instrumentos
Cantidad
Requisitos técnicos
pH-metro
1
calibrado
Agitador magnético
1

Balanzas de precisión
1
calibrada
Microcentrífuga
1
Para tubos eppendorf de 1,5ml
Equipo de electroforesis
1
con accesorios (sistema de montaje y preparación de geles, espaciadores para geles de 0,75 mm de espesor, peines para formar 10 pocillos, placas de cristal).
Fuente de electroforesis.
1

Termobloque
1
a 100°C
Agitador orbital.
1

Transiluminador.
1

Sistema de documentación
1


Materiales
Cantidad
Especificaciones
Rotulador indeleble.
2 unidades

Etiquetas adhesivas de papel.
2 unidades

Espátulas.
3 unidades

Tijeras.
2 unidades

Botellas de vidrio 100mL
5 unidades

Botellas de vidrio 1000mL
3 unidades

Papel de filtro.
4 unidades

Matraz 10ml
5 unidades

Vasos de precipitado y probetas (10 y 100 ml).
2 de cada una

Imán para agitación magnética.
2 unidades

Guantes
10 pares
Tallas S, M y L
Juego de micropipetas (1-10 μl, 10-100 μl y 100-1000 μl).
2 juegos

Puntas para juego de micropipetas
1 rack por cada una

Pipetas Pasteur de 1ml
5 unidades

Pipetas de vidrio 5ml
5 unidades

Peras de goma
2 unidades

Tubos eppendorf de 1,5 ml.
10 unidades

Gradillas para tubos eppendorf
1 unidad

Bandeja de plástico para el teñido de geles
1 unidad

Reactivos
Cantidad
Especificaciones
Extractos proteicos


Solución de acrilamida/bis-acrilamida 30%.
7ml
preparado comercial
Solución tampón para el gel separador Tris-HCl 1.5M pH 8.8
100ml
18.17g de Tris base en 80ml de agua destilada. Ajustar el pH con HCl y completar el volumen de 100ml con agua destilada.
Solución tampón para el gel ­­concentrador Tris-HCl 0.5M pH 6.8
100ml
6.05g de Tris base en 80ml de agua destilada. Ajustar el pH con HCl y completar el volumen de 100ml con agua destilada.
Persulfato amónico (APS) al 10%
10ml
10g de APS y completar con agua destilada hasta 10ml
Solución tampón de electroforesis Tris-Glicina pH8.3 10X
1L
30g de Tris base, 144g de glicina, 10g de SDS, 800ml de agua destilada y ajustar el pH con HCl.
Solución de tinción azul de Coomasie
1L
1 g de azul de Coomasie, 100ml de ácido acético, 400ml de metanol, completar con agua destilada hasta 1L
Solución decolorante de geles
1L
100ml de ácido acético, 400ml de metanol y 500ml de agua destilada.
Solución de SDS al 10%
3ml
10% peso/volumen
Glicerol.
1ml

Azul de bromofenol al 1%
1ml

2-Mercaptoetanol.
1ml

Glicina (forma ácida)
200g

TEMED (preparado comercial)
1ml

Marcador de peso molecular de proteínas
20ul

Agua destilada
2L


Descripción del procedimiento

Preparación del gel de poliacrilamida
En la presente práctica se va a preparar un mini-gel de 0,75 mm de espesor. Este consta de un gel concentrador de aproximadamente 2 cm de longitud que contiene los pocillos para cargar las muestras, y un gel separador de aproximadamente 6 cm. En la figura 1, se ilustra el montaje del sistema de electroforesis, la preparación de los geles y el procedimiento a seguir.
Se prepara el sistema de electroforesis mini-gel tal como se indica en la Figura 1 (b).
La acrilamida se polimeriza formando este tipo de estructuras que permiten la separación de proteínas por su peso molecular. OJO, la acrilamida es un producto carcinogénico. Por favor, leed la hoja de seguridad para el manejo de acrilamida

Preparación del gel separador al 13%
Se mezcla en un matraz (capacidad aproximada de 10 mL) los componentes en el orden siguiente:

2.5ml de Tampón Tris HCl 1.5M pH 8.8
0,1ml de SDS 10%
4.3ml de acrilamida bisacrilamida 30%
0.05ml de APS 10%
0.005ml de TEMED
agua destilada hasta completar 10ml.

Con cuidado, utilizando una pipeta Pasteur, se añade la mezcla en el interior del molde hasta una altura aproximada de 2 cm del borde superior de la placa mayor, de forma que quede suficiente espacio para el gel concentrador (se debe calcular 1 cm más de la longitud de los pocillos del peine) (Fig 1, c).

A continuación, usando una pipeta limpia, se cubre la superficie del gel con agua destilada o con isopropanol. Esto previene el contacto del oxígeno con el gel que inhibe la reacción de polimerización (Fig 1, d).
La polimerización del gel debe de ocurrir en unos 30 minutos.

Preparación del gel concentrador al 3%
Se elimina el agua destilada o el isopropanol que cubre el gel separador, y se lava la parte superior del gel 2-3 veces con agua destilada para eliminar cualquier residuo de acrilamida no polimerizada. Se seca el líquido restante en la parte de superior del gel con papel de filtro con cuidado de no dañar el gel

Se mezcla en un matraz de 10 ml, los componentes en el orden siguiente:

2.5ml de Tampón Tris HCl 0.5M pH 6.8
0.1ml de SDS 10%
1ml de acrilamida bisacrilamida 30%
0.1ml de APS 10%
0.005ml de TEMED
agua destilada hasta completar 10ml.

Utilizando una pipeta Pasteur, se introduce la solución directamente sobre la superficie del gel separador (Fig 1, e). Inmediatamente se inserta el peine en la solución concentradora con cuidado para evitar que se formen burbujas de aire (Fig 1, f).

Se espera hasta que el gel haya polimerizado (aproximadamente 30 minutos).
Se retira el peine cuidadosamente con un movimiento vertical (Fig 1., g). Usando una botella de lavado, se enjuagan los pocillos 2-3 veces con agua destilada para eliminar cualquier resto de acrilamida.

Preparación de las muestras
En el tiempo de espera durante la polimerización se preparan las muestras que se van a cargar en el gel. Para preparar el tampón de carga se añaden en un matraz de 10ml los siguientes reactivos:

1ml de Tampón Tris HCl 0.5M pH 6.8
0.8ml de glicerol
1.6ml de SDS 10%
0.4ml de azul de bromofenol al 1%
0.4ml de 2-mercaptoetanol
3ml de agua destilada.

Con ayuda de una micropipeta se toman 10 μl del extracto proteico preparado en tampón de carga en un tubo eppendorf y se le añade 10 ul del tampón de carga. No se olvide preparar un tubo eppendorf con las proteínas estándar de peso molecular conocido. Se fijan las tapas de los tubos y se calientan en un termobloque a 100ºC durante 5 minutos. Se centrifugan 10 segundos a máxima velocidad para concentrar el volumen en el fondo del tubo porque al hervir el líquido está repartido por todo el tubo en forma de gotas.

Electroforesis
Se insertan las placas con los geles polimerizados en la unidad de electroforesis tal como se indica en la Figura 1 (h,i).

Se prepara el tampón de electroforesis 1X a partir de la solución concentrada 10X (se añaden 100ml de la solución concentrada 10X y 900ml de agua destilada en una botella de vidrio) y se añade en los reservorios interior y exterior (Fig 1, j). Se retiran, si las hubiera, las burbujas de aire y restos de acrilamida del interior de los pocillos, introduciendo tampón de electroforesis en los mismos.

Se aplican las muestras con ayuda de una micropipeta (hasta 20 μl) en los pocillos, en un orden predeterminado y previamente anotado (Fig 1, k). No se olvide añadir, en un carril, la solución de proteínas estándar, de peso molecular conocido. 
Se conectan los electrodos a la cubeta de electroforesis y a la fuente de alimentación y se aplica corriente eléctrica. La corriente eléctrica recomendada para geles de 0,75 mm de grosor es un voltaje constante de 100-200V (Fig 1, l,m,n).

La duración aproximada del proceso es de 40-45 minutos. Una vez acabada la electroforesis, cuando el frente de azul de bromofenol alcanza la parte inferior del gel, se desconecta la fuente de alimentación, retirándose los electrodos y sacando los geles de la cubeta de electroforesis. Estos se depositan en la mesa de trabajo (Fig 1, ñ).

Se sacan los geles de acrilamida del interior del molde, separando cuidadosamente con ayuda de una espátula ambos cristales (Fig 1, p). Se elimina el gel concentrador (Fig 1, q) y se hace una muesca al gel en una de las esquinas para orientar la posición de las muestras (por ejemplo en la esquina inferior contraria al patrón de proteínas).

Tinción del gel con azul de coomassie
Las bandas de proteínas, una vez terminada la electroforesis, se visualizan tiñendo los geles con una solución de azul de coomasie:

1). 2.5 g Azul Brillante Coomassie R-250
2). 450 mL metanol
3). 100 mL acido acetico glacial
4). Aforar a 1 L con agua BD
Nota: Esta solucion se puede recuperar y reusar nuevamente si se filtra y se mezcla con la solucion de coomassie

La tinción se realiza con agitación suave durante, al menos, 30 min.
Se trasfiere el gel de la placa de vidrio a un recipiente que contiene la solución de tinción de coomassie (Fig 1, r). Se deja el gel en agitación suave con suficiente volumen de esta solución a temperatura ambiente durante 1 hora. (Fig 1., s).

Se elimina la solución de tinción con una pipeta y se conserva para futuras
tinciones. Se añade solución decolorante

1). 200 mL de metanol
2). 150 mL de acido acetico
3). 650 mL de ddH20

y se incuba en agitación para eliminar el exceso de coloración hasta que sólo queden teñidas de azul las proteínas, cambiando la solución decolorante tantas veces como sea necesario. El gel puede estar en esta solución toda la noche pero se pueden empezar a observar las proteínas en 20 minutos.

Se elimina la solución de desteñido y se añade agua destilada (o acético al 10%). Los geles pueden conservarse de esta forma durante largos periodos de tiempo de forma casi indefinida a 4ºC.

Cuantificación por densitometría en gel SDS PAGE de la proteína His-GiNMNAT purificada. a. Gel SDS PAGE 12%: M: marcador de bajo peso molecular (kDa); 1: GiNMNAT (0,125 µl); 2: GiNMNAT (0,25 µl); 3: por densitometría GiNMNAT (0,5 µl); 4: BSA (2 µg/µl); 5: BSA (4 µg/µl); 6: BSA (6 µg/µl); 7: BSA (8 µg/µl); 8: BSA (10 µg/µl) teñido en Coomassie R. b. Tabla de datos densitométricos (18).  FUENTE

Tabla de equivalencias entre peso molecular, cantidad de proteína y capacidad de visualización entre las tres técnicas básicas de tinción. Para realizar conversiones masa/mol visitar el siguiente ENLACE

La acrilamida, una sustancia cancerígena que se encuentra en las papas fritas

EJERCICIOS

1. Describe al menos tres diferencias entre el gel de agarosa y el de acrilamida

2. ¿Qué papel tiene el betamercaptoetanol en la electroforesis de proteínas? ¿Qué pasaría si no pusiesemos este reactivo en la electroforesis?

3. ¿En la electroforesis de proteínas? ¿Qué papel tiene el gel apilador (stacking gel) y el separador? Cita al menos dos diferencias entre ambos.

4. ¿Por qué crees que la acrilamida es tóxica pero la poliacrilamida no?

5. Tenemos una muestra de anticuerpos. Corremos esta muestra en un gel de acrilamida en la que nos hemos olvidado poner SDS ¿Cuantas bandas de proteína se observarían en el gel? ¿Y si le añadimos SDS?

5. ¿Qué papel tiene el SDS en la electroforesis de proteínas?