1 PREGUNTA: La secuencia de 102 nt de ADN de abajo se digiere con las enzimas de restricción EcoRI, AfaI, SalI y HindIII, en las combinaciones que se pueden ver en los pocillos del gel de agarosa. Cuando se realiza una electroforesis de esta digestión enzimática ¿Cómo quedarían las bandas de ADN?
5’GGAATTTCGCCGGCGATTATTAGGAATTCAGGCCACGTCGACTAGTACCGTCAAGGTTATATCTAACCCTTGTACAGGTCCGTACGCCATGCGCGATGTTAC
3'
Resultado: pincha aquí
2 PREGUNTA: Un plásmido de 6211 pb tiene dianas de restricción XbaI en las posiciones 0, 253 y 3050. Dianas de restricción SmaI en 1024, 4331. Si cortamos el plásmido con ambas enzimas y corremos la digestión enzimática en una cromatografía de agarosa. ¿Cuál es el carril correcto?
Corte con EcoRI G/AATTC
5’GGAATTTCGCCGGCGATTATTAGGAATTCAGGCCACGTCGACTAGTACCGTCAAGGTTATATCTAACCCTTGTACAGGTCCGTACGCCATGCGCGATGTTAC
3'
Se
generan dos fragmentos de 24 nt y 78 nt:
GGAATTTCGCCGGCGATTATTAGG
AATTCAGGCCACGTCGACTAGTACCGTCAAGGTTATATCTAACCCTTGTACAGGTCCGTACGCCATGCGCGATGTTAC
Corte
con EcoRI G/AATTC
y
SalI G/TCGAC
5’GGAATTTCGCCGGCGATTATTAGGAATTCAGGCCACGTCGACTAGTACCGTCAAGGTTATATCTAACCCTTGTACAGGTCCGTACGCCATGCGCGATGTTAC
3'
Se
generan tres fragmentos de 24, 13 y 65 nt
GGAATTTCGCCGGCGATTATTAGG
AATTCAGGCCACG
TCGACTAGTACCGTCAAGGTTATATCTAACCCTTGTACAGGTCCGTACGCCATGCGCGATGTTAC
Corte
con HindIII A/AGGTT
y AfaI G/TAC
5’GGAATTTCGCCGGCGATTATTAGGAATTCAGGCCACGTCGACTAGTACCGTCAAGGTTATATCTAACCCTTGTACAGGTCCGTACGCCATGCGCGATGTTAC
3
Se generan 5 fragmentos 45, 8,
19, 10 y 20 nt
GGAATTTCGCCGGCGATTATTAGGAATTCAGGCCACGTCGACTAG
TACCGTCA
AGGTTATATCTAACCCTTG
TACAGGTCCG
TACGCCATGCGCGATGTTAC
2 PREGUNTA: Un plásmido de 6211 pb tiene dianas de restricción XbaI en las posiciones 0, 253 y 3050. Dianas de restricción SmaI en 1024, 4331. Si cortamos el plásmido con ambas enzimas y corremos la digestión enzimática en una cromatografía de agarosa. ¿Cuál es el carril correcto?
Respuesta: pincha aquí
3 PREGUNTA:
a) Identifica el ORF en esta secuencia de ADN
5' TATGTTTTATAAAGTCGGATATCTAACCCTTGTCACGTATTTCATGCGCGATGG 3'
b) ¿Cuántos nucleótidos codificantes tiene este gen?
c) Amplifica el gen utilizando dos primers de 6 nucleótidos cada uno. Escribe los dos primers empleados para amplificar el gen estructural
Primer A (Derecha): 5' 3'
Primer B: (Izquierda): 5' 3'
Respuesta: pincha aquí
4 PREGUNTA:
a) Identifica el ORF
en esta secuencia de ADN
5'TATGTTTTTTAAAGTCGGATATCTAACCCTTGTCACGTATTTCATGCGCTAGGG 3'
5'TATGTTTTTTAAAGTCGGATATCTAACCCTTGTCACGTATTTCATGCGCTAGGG 3'
b) ¿Cuántos
nucleótidos codificantes tiene este gen?
c) Amplifica el gen
utilizando dos primers de 6 nucleótidos cada uno. Escribe los dos
primers empleados para amplificar el gen estructural
Primer A (Derecha):
5' 3'
Primer B:
(Izquierda): 5' 3'
Respuesta: el ORF tiene 51 nucleótidos totales, nucleótidos totales tiene 48 que generarán una proteína de 16 aminoácidos.
Respuesta: el ORF tiene 51 nucleótidos totales, nucleótidos totales tiene 48 que generarán una proteína de 16 aminoácidos.
5'ATGTTTTTTAAAGTCGGATATCTAACCCTTGTCACGTATTTCATGCGCTAG 3´
Primer A (Derecha):
5' CTAGCG 3'
Primer B:
(Izquierda): 5' ATGTTT 3'5 PREGUNTA: Partiendo de la secuencia de abajo, cuando el sistema de corrección de copia arregla la mutación o las mutaciones ¿Cuál será la secuencia resultante? ¿Qué papel juegan los metilos en todo el proceso? (La hebra de nueva síntesis es la negra) ¿Cómo afecta la mutación al diámetro del ADN? ¿Afectan todas las mutaciones por igual?
------------------------------------------------------------------------------------------
5´ ATTGCTATCTAGCATCGCAGCGTACGCGACGACTGCATCAGTCAT 3´
3´ TAACGATAGATGGTAGCGTCGCATGCGCTGCTGACGTCGTCAGTA 5´
-------------------------------------------------------------------------------------------
Resultado: pincha aquí
6 PREGUNTA: Las siguientes bases nitrogenadas ¿Son purinas o pirimidinas? ¿Por qué los pares de bases nitrogenadas comprenden siempre una purina enfrentada a una pirimidina?
7 PREGUNTA: Tenemos un cromosoma bacteriano (covalentemente cerrado y circular) formado por una cadena de ADN tipo B de 7.700.000 pares de bases. Comienza la replicación y la horquilla de replicación comprende 270.000 pares de bases. ¿Cuántos pares de bases por entrecruzamiento existen en el ADN en esta nueva configuración?
Respuesta: haz clic aquí
8 PREGUNTA: En este fragmento de doble cadena de ADN nombra la base nitrogenada señalada con la letra C los extremos 5´y 3´ del esqueleto covalente. Las bases nitrogenadas púricas y pirimidínicas de distintas cadenas que se encuentran enfrentadas ¿Por qué tipo de enlace químico están unidas?
9 PREGUNTA: Tenemos un cromosoma bacteriano de 4.222.845 pares de bases. Si la DNApol tiene una procesividad (capacidad de añadir nuevos nucleótidos al extremo 3´de la cadena que se está sintetizando) de 1000 nucleótidos por segundo. ¿Cuánto tardará este cromosoma en replicarse?
Resultado: pincha aquí
10 PREGUNTA: Cuando se rompe el enlace fosfodiester de una cadena de ADN ¿Se repara por una enzima? Si es que se regenera por enzima ¿Cuál se su nombre? o por lo contrario ¿Se regenera espontáneamente?
Resultado: pincha aquí
11 PREGUNTA: Imaginemos dos bacterias imaginarias. Ambas tienen cromosomas del mismo tamaño, por ejemplo 8.000.000 de pares de bases. Si la bacteria A tiene una DNApolIII con una capacidad procesiva de 500 nt por segundo, y la bacteria B tiene una DNApolIII con una capacidad procesiva de 1000 nt por segundo. ¿Cuál de las dos va a tener más descendencia? ¿Qué trascendencia evolutiva tendrá este hecho? Imaginemos que partimos de una bacteria A y de una bacteria B. ¿Qué descendencia tendrá cada una al cabo de un día?
Respuesta: pincha aquí
12 PREGUNTA: Si tengo una cromosoma lineal de 20 millones de pares de bases con 4 orígenes de replicación. Si la DNApolIII tiene una capacidad procesiva de 1000 nt por segundo ¿Cuánto tiempo tarda este cromosoma en replicarse?
Respuesta: pincha aquí
13 PREGUNTA: Se ha cortado con PstI un plásmido bacteriano circular que contiene un gen de resistencia a la ampicilina. Tras la electroforesis se observa una banda de 20 Kb. ¿Qué deducirías de los resultados que se plantean a continuación?
a) Con EcoRI, el plásmido se corta en dos fragmentos: uno de 11.5 Kb y otro de 8.5 Kb
b) La digestión PstI+EcoRI genera tres fragmentos de: 6 Kb, 5.5 Kb y 8.5 Kb
c) El ADN del plásmido cortado con PstI se ha mezclado y ligado con fragmentos de ADN cortados con PstI. Todos los clones recombinantes son resistentes a la ampicilina.
d) Tras cortar uno de los clones recombinantes con PstI se obtienen dos fragmentos: 20 Kb y 6 Kb.
e) El clon anterior se corta con EcoRI y se obtienen 10 Kb, 8.5 Kb y 7.5 Kb.
Respuesta
a) Al sumar los fragmentos 11.5 Kb + 8.5 Kb nos da un valor de 20 Kb. Este valor es coincidente con el fragmento generado con PstI, lo que significa que el plásmido tiene un tamaño de 20 Kb y que, por tanto, PstI lo corta una sola vez mientras que EcoRI tiene dos dianas dentro de la molécula circular.
b) Con la digestión doble podemos, ahora, obtener un mapa de restricción de esta molécula circular. Podemos deducir que el fragmento de 11.5 Kb generado por EcoRI, es cortado en dos fragmentos menores de 6 Kb y 5.5 Kb por la enzima PstI:
c) Al cortar con PstI, el plásmido se queda en forma lineal con extremos cohesivos para ese enzima. Al poner en contacto fragmentos de ADN cortados también con PstI junto con una enzima ligasa, los fragmentos, que tienen extremos complementarios, se ligan al plásmido y la molécula recirculariza con un inserto dentro de ella, obteniendo un plásmido recombinante. Si la diana para PstI estuviera dentro del gen de la ampicilina, el inserto “rompería” este gen, por lo que quedaría inactivo y las bacterias serían sensibles a la ampicilina. Por eso, podemos deducir que la diana para PstI no se encuentra dentro del gen de resistencia a la ampicilina.
d) Al cortar de nuevo con la enzima PstI, lo que estamos haciendo es separar nuevamente el plásmido del inserto, por lo que obtenemos un fragmento de 20 Kb correspondiente al plásmido y otro de 6 Kb que sería el tamaño del fragmento clonado.
e) Al aparecer un nuevo fragmento cuando cortamos con EcoRI el plásmido recombinante, que no aparecía en el plásmido bacteriano inicial, significa que existe una nueva diana para este enzima. La diferencia entre el plásmido bacteriano inicial y el plásmido recombinante, es la presencia del inserto de 6 Kb. Por eso, deducimos que el fragmento clonado tiene una diana para EcoRI y que se encuentra situada entre las dos dianas EcoRI separadas por 11,5 Kb.
d) Al cortar de nuevo con la enzima PstI, lo que estamos haciendo es separar nuevamente el plásmido del inserto, por lo que obtenemos un fragmento de 20 Kb correspondiente al plásmido y otro de 6 Kb que sería el tamaño del fragmento clonado.
e) Al aparecer un nuevo fragmento cuando cortamos con EcoRI el plásmido recombinante, que no aparecía en el plásmido bacteriano inicial, significa que existe una nueva diana para este enzima. La diferencia entre el plásmido bacteriano inicial y el plásmido recombinante, es la presencia del inserto de 6 Kb. Por eso, deducimos que el fragmento clonado tiene una diana para EcoRI y que se encuentra situada entre las dos dianas EcoRI separadas por 11,5 Kb.
14 PREGUNTA: Un fragmento lineal de ADN de 11Kb se corta por separado con las enzimas de restricción EcoRI y HaeIII y con una mezcla de ambas obteniéndose los fragmentos indicados a continuación. EcoRI: 6Kb, 3Kb y 2Kb; HaeIII: 7Kb y 4Kb; EcoRI+HaeIII: 5Kb, 3Kb, 2Kb y 1Kb. Dibujar el mapa de restricción de este segmento de ADN.
Solución aquí
15 PREGUNTA:
5' TATGTTTTATAAAGTCGGATATCTAACCCTTGTCACGTATTTCATGCGCGATGG 3'
a) Identifica el ORF en esta secuencia de ADN
b) ¿Cuántos nucleótidos codificantes tiene este gen?
c) Amplifica el gen utilizando dos primers de 6 nucleótidos cada uno. Escribe los dos primers empleados para amplificar el gen estructural
Solución:
TATGTTTTATAAAGTCGGATATCTAACCCTTGTCACGTATTTCATGCGCGATGG
3´ AATATTTCAGCCTATAGATTGGGAACAGTGCATAAAGTA 5´
3´AAAGTA 5´
5´ TTATAAAGTCGGATATCTAACCCTTGTCACGTATTTCAT 3´
3´ AATATTTCAGCCTATAGATTGGGAACAGTGCATAAAGTA
5´ TTATAA 3´
36 nt codificantes
15 PREGUNTA:
5' TATGTTTTATAAAGTCGGATATCTAACCCTTGTCACGTATTTCATGCGCGATGG 3'
a) Identifica el ORF en esta secuencia de ADN
b) ¿Cuántos nucleótidos codificantes tiene este gen?
c) Amplifica el gen utilizando dos primers de 6 nucleótidos cada uno. Escribe los dos primers empleados para amplificar el gen estructural
Solución:
TATGTTTTATAAAGTCGGATATCTAACCCTTGTCACGTATTTCATGCGCGATGG
3´ AATATTTCAGCCTATAGATTGGGAACAGTGCATAAAGTA 5´
3´AAAGTA 5´
5´ TTATAAAGTCGGATATCTAACCCTTGTCACGTATTTCAT 3´
3´ AATATTTCAGCCTATAGATTGGGAACAGTGCATAAAGTA
5´ TTATAA 3´
36 nt codificantes
Primers: 5´ATGAAA 3´ y 5´TTATAA 3´
16 PREGUNTA: Si amplificamos 25 ciclos una cadena de ADN mediante PCR obtendremos 225= 33 millones de copias. Si amplificamos 25 ciclos 1000 cadenas de ADN ¿Cuántas copias obtendríamos?
Solución: 1000 veces 33 millones de copias
17 PREGUNTA: a) ¿A qué sitio (A, B o ambos) puede unirse el primer 5' CAAGG 3' para iniciar la replicación? b) Si un primer se une a la secuencia A ¿Cuál es la dirección de elongación (izquierda o derecha)? c) En la hebra de la posición A la síntesis de ADN se lleva a cabo de un modo continuo o discontinuo?. d) ¿Qué fragmento se sintetiza primero C o D? Aviso: el cuadrado negro representa a la ADNpolimerasa
Solución: a) Solo se puede unir a la secuencia B. La razón es que el extremo 3´ del primer tiene que estar a la derecha para que tenga la orientación correcta. Si te fijas, en los fragmentos C y D el cuadrado negro que representa a la ADN polimerasa está a la derecha. La ADN polimerasa siempre se sitúa en el extremo 3´del ADN. b) Izquierda c) Discontinua d) Fragmento de Okazaki D
18 PREGUNTA: En las siguientes horquillas de replicación hay un primer. Puede ser un primer de una cadena de síntesis continua o discontinua ¿Sabrías decir en los seis problemas a que cadena corresponde cada uno de esos primers de ARN? ¿Podrías decir a que extremo, 5'o 3', corresponden los marcados con un signo de interrogación?
Solución:
16 PREGUNTA: Si amplificamos 25 ciclos una cadena de ADN mediante PCR obtendremos 225= 33 millones de copias. Si amplificamos 25 ciclos 1000 cadenas de ADN ¿Cuántas copias obtendríamos?
17 PREGUNTA: a) ¿A qué sitio (A, B o ambos) puede unirse el primer 5' CAAGG 3' para iniciar la replicación? b) Si un primer se une a la secuencia A ¿Cuál es la dirección de elongación (izquierda o derecha)? c) En la hebra de la posición A la síntesis de ADN se lleva a cabo de un modo continuo o discontinuo?. d) ¿Qué fragmento se sintetiza primero C o D? Aviso: el cuadrado negro representa a la ADNpolimerasa
18 PREGUNTA: En las siguientes horquillas de replicación hay un primer. Puede ser un primer de una cadena de síntesis continua o discontinua ¿Sabrías decir en los seis problemas a que cadena corresponde cada uno de esos primers de ARN? ¿Podrías decir a que extremo, 5'o 3', corresponden los marcados con un signo de interrogación?
Solución:
19 PREGUNTA: sitúa los extremos 5’y 3’de todas las cadenas
de ADN
20 PREGUNTA: Tenemos un plásmido de ADN (un cromosoma circular) de 8888 pares de bases. En un tubo vamos a poner ese plásmido y lo vamos a cortar con la enzima de restricción HindIII que corta en la posición 7777; en otro tubo cortaremos el plásmido con la enzima EcoRI, la cual tiene dianas en la posición 1111 y 3333. Finalmente, el plásmido lo cortaremos con HindIII, EcoRI y con PstI, una enzima de restricción para la cual el plásmido tiene dianas de restricción en las posiciones 222 y 2222. Cuando el ADN esté cortado lo analizaremos en una cromatografía de agarosa. Dibuja las bandas en el gel propuesto
Solución: pincha aquí
21 PREGUNTA: Si cortamos esta secuencia con la enzima de restricción XbaI 5´T/CTAGA 3´ ¿Cuántos fragmentos y de qué tamaño en nucleótidos tendremos?
5’TTACGGAATTTCGCCGGCGTCTAGAATTATTAGGAATTCAGGCCACGTCGACTAGTACCGTCAAGGTTATATCTAACCCTTGTACAGGTCCGTACTCTAGAGCCATGCGCGATGTTAC 3'
Solución:
5’TTACGGAATTTCGCCGGCGT corte
CTAGAATTATTAGGAATTCAGGCCACGTCGACTAGTACCGTCAAGGTTATATCTAACCCTTGTACAGGTCCGTACTCTAGAGCCATGCGCGATGTTAC 3'
Dos fragmentos uno de 98 nt y otro de 20 nt.
Para repasar combinatoria:
22 PREGUNTA: Imaginemos que en la sopa biológica de moléculas orgánicas surgidas al azar tenemos 4 nucleótidos: adenina, citosina, guanina y uracilo. Si estos nucleótidos se ensamblan y forman una cadena de 10 nucleótidos ¿Cuántas moléculas distintas podrían formar?
Solución: en la posición 1 podría haber cuatro posibilidades, en la posición 2 podrían haber 4 posibilidades, en la posición 3 podría haber 4 posibilidades... así hasta 10. Es decir, 4x4x4x4x4x4x4x4x4x4, o lo que es lo mismo 410 = 1.048.576
23 PREGUNTA: Imaginemos un ORF de 999 nt. El primer triplete, ATG y el último TAA. a) ¿Cuántas secuencias codificantes podría generar? b) ¿Sería el mismo número que proteínas distintas? ¿Por qué?
Solución: ¡Atención! para calcular cuantas secuencias distintas de ADN, en donde importa la secuencia, se utilizan las variaciones con repetición que no es otra cosa que un cálculo exponencial. En el video abajo ver a partir del min 10
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